Dal prossimo operativo estivo 2016 verrà soppressa la base di PIsa. Questa, era stata creata ai tempi di AirOne smart carrier e doveva servire a collegare alcuni aeroporti a quel momento non serviti o dismessi da altri vettori. Persi totalmente i collegamenti annuali verso Berlino, Catania, Praga e Tirana. Identica fine anche per quelli operati con continuità stagionale verso Ibiza, Mahon, Mosca e per un periodo anche San Pietroburgo. Alitalia continuerà ad effettuare i voli da Pisa con destinazione Roma tutto l’anno e Olbia con operatività stagionale estiva. Nei periodi iniziali la base di Pisa doveva essere un punto di inizio per un futuro sviluppo da uno a più aerei basati con nuove rotte, mai poi tradottasi la cosa in realtà. Da Pisa furono anche operati collegamenti diretti stagionali come Atene.